Em 1534, Piqueroby uniu-se ao seu genro, Mestre Cosme Fernandes, além de alguns portugueses e espanhóis, e atacaram a vila de São Vicente, "como desagravo por terem perdido tudo o que haviam construído durante vinte anos". Os poucos soldados que Martim Affonso de Sousa deixara para proteger a vila, não foram suficientes para resistir ao ataque. São Vicente foi saqueada e quase destruída.
O antigo acordo de Martim Affonso de Sousa com os tupis, de que os portugueses não subiriam para o planalto, facilitou o estabelecimento pacífico das povoações de São Vicente, Santos e Itanhaém. Mas em 1554, os portugueses romperam o acordo, subiram a Serra do Mar, e fundaram a vila de São Paulo.