Carta Regia havendo recomendado ao Governador acordasse com os Padres e os ouvidores, meio de atalhar âos cativeiros e resgates injustos dos índios — é firmado o pacto de 30 de julho que assinaram com Mem de Sá os jesuítas Antônio Pires e Gregorio Serrão, garantidor da liberdade dos nativos, si não forem cativados em justa guerra: das dificuldades dessas provas, e vexames freqüentes por ela, começou a preferencia pelos escravos pretos, africanos, cuja côr dispensava tais provas para o serviço.

Lutou contra os franceses estabelecidos na França Antártica na baía da Guanabara; foi companheiro de Estácio de Sá, a quem assistiu em seus últimos momentos (1567). Em 1566, foi enviado à Capitania da Bahia com o encargo de informar ao governador Mem de Sá do andamento da guerra contra os franceses, possibilitando o envio de reforços portugueses ao Rio de Janeiro. Por esta época, foi ordenado sacerdote aos 32 anos de idade.

Escravidão indígena voluntária: Em 30 de julho de 1566, foi criada a lei que regulamentou pela primeira vez a escravidão voluntária dos índios. Segundo essa lei, baixada por uma junta convocada por Mem de Sá, “os índios só poderiam vender-se a si mesmos em caso de extrema necessidade, sendo que todos os casos deveriam ser obrigatoriamente submetidos à autoridade para exame”.