Por outro lado, Villa Rica del Espírito Santo, que teve uma segunda fundação em 1589, mantendo-se até 1632, parece ter atingido uma maior prosperidade. Segundo estudos de Claudia Parellada, baseados nos vestígios arqueológicos em Nova Cantu, atual Paraná, a cidade teria uma área total de 300.000 metros quadrados e seria cercada por chácaras. De acordo com o modelo codificado urbano da lei de 1573, o povoado era “enxadrezado de ruas retilíneas”. Possuía um centro com uma praça e terrenos ao redor que não poderiam, conforme o regimento, ser cedidos a particulares, mas sim à Igreja, aos edifícios reais e municipais. As ruas tinham de 10 a 12 m de largura e cruzamentos em ângulos retos. Suas quadras tinham a dimensão de 100x100m e eram cercadas por muros de taipa. As casas eram pequenas e de taipa com telhas. No canto sudoeste da praça, situava-se a igreja, também de taipa e com cobertura de telhas, dedicada a São João Batista e pertencente à Companhia de Jesus. Ao lado, existia um cemitério. Na parte leste da vila, dispunham-se as ruínas de casas de alvenaria, com poço para captação de água, e fornos para fundição de metais. As pesquisas arqueológicas encontraram ainda muitas escórias de ferro espalhadas pelas ruínas e casas subterrâneas, provavelmente para os índios guaranis.

Dentre os moradores da vila desde os seus primeiros tempos estavam Alonso Benitez, Pedro Miño, Francisco Romero, Melchior Moreno, Manuel Duarte (português), Juan Baptista Troche, Hernando de Melgarejo, Juan Pérez de Godoy, Diego González, Francisco de Peralta, Juan de Villalba, Bartolomé de Contreras, Juan Alvear de Zuniga, Antonio Bernal e Gabriel Ponce de Leon, considerados os conquistadores do Guairá.