No período de 1540 a 1611 a colônia portuguesa foi governada por D. Francisco de Souza. Ele governou a colônia por dois períodos e no segundo teve a promessa de ser o Marquês das Minas por conta das recentes descobertas.Foi neste período que se inicia o aumento da população (de Cotia), atraída pelas minas,pressiona a necessidade de aumento da produção de alimentos, onde o sistema de produção agrícola rudimentar, extensivo e coletivo, precisou evoluir ao mesmo tempo em que valorizava a terra, forçando os colonos a iniciarem uma apropriação privada da terra. [Patrimônio Natural e Cultural em uma área de expansão urbana: O Caso da Granja Carolina, 2014. Página 45]
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