1° fonte: “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador
A excomunhão de Baltazar Fernandes

"...excomulgacion y censuras contra los portugueses que acometen a las reduciones de los nativos..." Este é o cabeçalho de um documento de fevereiro de 1638, assinado pelo padre Diego de Alfaro, da Companhia de Jesus, superior das reduções jesuíticas pertencentes ao Paraguai e comissário do Santo Ofício da Inquisição, que adverte "o capitão André Fernandes, Baltazar Fernandes, o capitão fulano Pedroso,o capitão Domingos Álvares e fulano Prieto y otros muchos portugueses y castelhanos, que estão aprisionando nativos cristãos - homens, mulheres, crianças e velhos - destruindo suas cabanas, sua alimentação e até matando-os. Invadem as igrejas e furtam os bens eclesiásticos".

Esse documento, cujo original se encontra na Biblioteca Nacional, foi entregue, na Redução da Candelária, pelos padres Pedro Romero e Juan Batista Hornos, notário apostólico, aos sertanistas Francisco Paiva e Antonio Pedroso, que se negaram a recebê-lo. Nesse momento, o padre Alfaro procedeu a leitura do documento em voz alta e inteligível, como relato o historiador Aurélio Porto, ordenando os sertanistas para que dentro de 24 horas saíssem do território do bispado da Prata e restituíssem os nativos maiores e menores, homens e mulheres que têm cativos, sob pena de excomunhão. Os sertanistas Paiva e Pedroso destruíram as citações, o que levou o padre Alfaro a confirmar a excomunhão.Mas vez compareceram os jesuítas ao acampamento dos sertanistas, anunciando a sua excomunhão, com o que não se preocuparam os paulistas, alegando que iriam recorrer.

Embora citados, no documento de excomunhão, André e Baltazar não se encontravam no local (Candelária). Já tinham iniciado a volta para São Paulo, trazendo grande número de nativos cativos.

Esse episódio é o único que estabelece uma relação entre Baltazar Fernandes e o padre Diego de Alfaro, advindo daí, talvez, o boato de que teria sido ele o matador do padre. Como se vê, esse fato ocorreu, em fevereiro de 1638, e o padre viria a morrer em combate em janeiro de 1639, 11 meses depois, algumas centenas de quilômetros distante dali.

A ausência de André e Baltazar Fernandes, em Candelária, onde fora lido o documento de excomunhão, é explicado por Aurélio Porto, na sua "História das Missões Orientais do Uruguai":

"Terminada a ocupação de Santa Tereza, mandou o caudilho André Fernandes, que um destacamento de 30 a 40 paulistas, apoiado por mais de 1.000 tupis e nativos amigos fossem assolar as reduções do Ijuí. Esse grupo, parece, teria por comandantes os sertanistas capitães Francisco de Paiva e Antonio Pedroso, se bem que outros paulistas de escol dele fizessem parte".

Efetivamente, foram esses dois bandeirantes, Paiva e Pedroso que, segundo documentação jesuítica, receberam a notícia de excomunhão das mãos dos jesuítas. [Páginas 118 e 119]

1° fonte: “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador
O monsenhor Paulo Florêncio da Silveira Camargo descreve este fato em seu livro "História de Santa Ana de Parnaíba":

"Repercutiu em Parnaíba, o breve libertador dos nativos, a dita bula do papa Urbano VIII (22 de abril de 1639). Atribuíram aos jesuítas a consecução da referida bula e queria expulsá-los de São Paulo. Na reunião das Câmaras, em São Vicente (24 e 25 de junho de 1640), Baltazar Fernandes representou Parnaíba". Na mesma obra o monsenhor Paulo Florêncio lembra que:

"Baltazar Fernandes foi procurador geral de Parnaíba. Compareceu em São Paulo (6 de agosto de 1641), na reunião coletiva para eleição do representante na visita a D. João IV, em Lisboa".

Registra também, que a expedição de André Fernandes, da qual Baltazar Fernandes fazia parte, retorna a São Paulo, em dezembro de 1638 ou no início de 1639, após a destruição da Redução de Santa Tereza. O padre foi morto em janeiro de 1639.

2° fonte: Novos elementos para a história de São Paulo Paulistas cristãos-novos contra os jesuítas - Anita Novinsky Universidade de São Paulo; Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas
Sofreu grande revés em Caazapamirim no final de 1638 e retornou a São Paulo. Chegou à vila em março de 1639, doente e abandonado por seus índios, apenas com a gente de seu filho Jorge Fernandes. Em 19 de abril de 1641, já restabelecido, assinou procuração dos moradores de Parnaíba ao capitão Antônio Raposo Tavares para os representar junto ao Rei.[Novos elementos para a história de - Portal de Revistas da USP]