1° fonte: Meio Século de Bandeirismo, de Alfredo Ellis Jr.
Teriam conseguido os índios jesuítas, dirigidos pelo guerreiro Nhienguirú e pelo padre Alfaro, esmagar uma bandeira paulista, num combate em que foi morto o padre Alfaro, tendo perdido a vida, igualmente, grande quantidade de paulistas, ao passo que outros, prisioneiros, fôram pelos padres entregues ao já célebre Pedro de Lugo y Navarro, governador do Paraguai, então em visita às missões da margem direita do Uruguai.

Teria dado esse combate nas proximidades de Caaçapaguassú, em começo de 1639, quando a bandeira avançava pela margem direita do Uruguai, segundo diz Teschauer; Aurelio Porto. Os prisioneiros teriam sido levados por Don Pedro de Lugo para Assunção, onde teriam sido libertados. [p.181]

2° fonte: Novos elementos para a história de São Paulo Paulistas cristãos-novos contra os jesuítas - Anita Novinsky Universidade de São Paulo; Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas
Para o entendimento do conflito bandeirantes x jesuítas deve-se considerar, além dos interesses materiais e antagonismos religiosos, uma outra questão: o confronto de duas mentalidades, essencialmente antagônicas, a dos jesuítas – conservadora,elitista e dogmática – e a dos bandeirantes – aventureira, livre e descrente –, uma representando os interesses territoriais e econômicos dos reis da Espanha, outra reivindicando uma autonomia territorial e uma liberdade religiosa.

No confronto com os jesuítas no Guaíra, Itatim, Tape, Paraná e outras reduções, os portugueses se levantaram contra o opressor, pois os jesuítas estavam ligados à Inquisição de Lima. Quando os bandeirantes mataram o comissário da Inquisição de Lima, Diogo de Alfaro, ocabido de Assunción, indignado, escreve ao vice-rei do Peru sobre o crime dos portugueses, que impiedosamente assassinaram o comissário da Inquisição, e pede ao governador do Paraguai que castigue os criminosos (7). A atitude dos bandeirantes levantou uma onda de protestos, a ponto de o procurador geral da Companhia de Jesus das Províncias escrever ao rei da Espanha, Felipe IV, também rogando por justiça e remédio contra “los crimes de los portugueses em Brasil” [Carta XXXVI – “Petição do Padre Antonio Ruiz de Montoia a Felipe IV, pedindo remédio contra as invasões e danos causados pelos portugueses do Brasil nas Reduções do Paraná e Uruguai”, Madrid, 1639, in Jaime Cortesão, Jesuítas e Bandeirantes no Tape, op. cit], todos “infeccionados de judaísmo”.

3° fonte: “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador
Nas questões políticas, como representante de Santa Ana de Parnaíba e líder de sua comunidade, está sempre na vanguarda dos acontecimentos a qualquer preço. Por ter participado, em 1640, juntamente com outras lideranças paulistas, do episódio da expulsão dos jesuítas de São Paulo, foi castigado pela Igreja, sofrendo a pena de excomunhão. Os paulistas justificavam a decisão, diante do fato dos padres terem extrapolado as suas funções, indo além do poder espiritual, interferindo nas questões políticas do povoado. Pesou, principalmente, na decisão dos paulistas, a publicação da bula do Papa Urbano VIII, que proibiu a escravização dos nativos, uma causa defendida pelos jesuítas. Em 1647, esclarecidos os fatos, um alvará régio suspendeu a pena de excomunhão. Em 1652, Baltazar está em São Vicente, como representante de Parnaíba, participando do movimento pela volta dos jesuítas expulsos. [Página 44]

Após a destruição da redução de Santa Tereza, Baltazar e André retornam, em novembro de 1639, a São Paulo, ocasião em que já está a caminho da expedição de Fernão Dias Paes e do seu irmão, Pascoal Leite Paes, que vai atacar as reduções dos Apóstolos (Caaçapaguassu), quando, pela primeira vez, os paulistas são derrotados. É nesse combate, que morre o padre, atingido por um tiro no olho.

As suspeitas apontam para Paschoal Leite Paes

As suspeitas apontam o sertanista Paschoal Leite Paes, irmão de Fernão Dias Paes (Leme), o governador das esmeraldas, como o responsável pela morte do padre Alfaro, durante o combate de Caazapaguassu. Não há documento que afirme, taxativamente, que foi ele quem deu o tiro fatal. Mas, está documentado que Paschoal era o chefe (cabo) da expedição de Caazapaguassu, como também está documentado que foi o chefe da expedição em questão, que acertou o padre. Essas informações estão claras e fazem parte das narrativas dos principais historiadores brasileiros, que trataram do assunto. Confirmando esses fatos, Sorocaba continua fazendo parte da história da morte do padre Diego de Alfaro. Ao lado de Baltazar Fernandes, Pascoal foi o primeiro juiz de Sorocaba, eleito em 3 de março de 1661.

Aluísio de Almeida em seu livro "História de Sorocaba", editado em 1969, ao fazer identificação de cada um dos integrantes da primeira Câmara de Sorocaba, comenta:

"Pascoal Leite Paes, de identificação difícil, porque não podia ser o irmão de Fernão Dias Paes Leme, e logo morreu em Parnaíba".

Em outro livro, "Sorocaba, 3 séculos de História" publicação póstuma do mesmo autor, a informação é totalmente contrária. Observem:

"Pascoal Leite Paes, um dos primeiros vereadores (sic) nomeados, foi velho sertanista a descansar em sua fazenda possivelmente dos lados do Apotribu. Irmão do grande Governador das Esmeraldas, com quem esteve na derrota de 1630, em Caaçapaguaçu, foi prisioneiro no Prata. Voltando alguns anos depois, este grande homem ajudou a nascer Sorocaba, findando-se em sua fazenda, em 1664".

Informações equivocadas à parte (Pascoal foi juiz e não vereador, a derrota foi em 1639), a informação do historiador sorocabano confirma que Pascoal Leite Paes, primeiro juiz de Sorocaba, irmão de Fernão Dias Paes, esteve em Caazapaguassu e foi mantido preso no Prata. Só não afirmou que foi ele quem atirou no padre. [Páginas 115, 116 e 117]