1° fonte: Por que se deixou de cultivar trigo em São Paulo. História & Outras Histórias - História, preservação do patrimônio histórico e debate de questões atuais (martaiansen.blogspot.com)
No século XVII, para fazer frente à tentativa holandesa de ocupação do Nordeste brasileiro, solicitou o representante português Antônio Telles da Silva que a Câmara Municipal de São Paulo contribuísse com homens e suprimentos para a guerra; isso se fez, mediante o envio de soldados, índios das "administrações" (¹) e provisões para sustento das tropas, conforme relata Pedro Taques de Almeida Paes Leme em sua Nobiliarchia Paulistana:

"Este grande socorro de duzentos paulistas soldados e dois mil índios flecheiros, não das aldeias do real padroado e sim da administração de paulistas particulares, que neste tempo abundavam, de sorte que muitos havia que possuíam debaixo de sua administração quinhentos, seiscentos e setecentos índios, que se ocupavam no trabalho da agricultura em copiosas searas de trigo, plantas de milho, feijão, legumes e nos algodoais, saiu debaixo do comando do capitão de infantaria e cabo-maior Antônio Pereira de Azevedo em julho de 1647."

1° fonte: “Na capitania de São Vicente”. Washington Luís (1869-1957), 11° presidente do Brasil
O caso teve solução em virtude do Alvará de D. João IV de 7 de outubro de 1647 que resolveu conceder perdão aos moradores da vila de S. Paulo de todas e quaisquer culpas que tivessem cometido na expulsão dos jesuítas, reservando-lhes (aos jesuítas) para demandarem no cível perdas e danos, com a declaração de que o perdão concedido só teria efeito “depois de restituídos os padres da Companhia de tudo que tinham na capitania (Documento publicado na Rev. do Inst. Geog. de S. Paulo, por Leite Cordeiro, vol. 51, pág. 300, extraído do Arquivo Histórico Ultramarino de Lisboa).

2° fonte: “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador
Por ter participado, em 1640, juntamente com outras lideranças paulistas, do episódio da expulsão dos jesuítas de São Paulo, foi castigado pela Igreja, sofrendo a pena de excomunhão. Os paulistas justificavam a decisão, diante do fato dos padres terem extrapolado as suas funções, indo além do poder espiritual, interferindo nas questões políticas do povoado. Pesou, principalmente, na decisão dos paulistas, a publicação da bula do Papa Urbano VIII, que proibiu a escravização dos nativos, uma causa defendida pelos jesuítas. Em 1647, esclarecidos os fatos, um alvará régio suspendeu a pena de excomunhão.