1° fonte: Revista do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo, volumes 20-21
Dentro desse período de 1606 a 1640 fundou-se regularmente o núcleo da missão em Cananéa, como já ficou descrito e deu-se começo a um outro núcleo em Paranaguá. Foi seguramente, em torno dessa "casa da missão" provisória, que mais tarde se aglomerou a povoação, cujo pelourinho foi ereto em 1640.

Dessa época em diante, a missão apostólica do sertão e do litoral foi de novo interrompida: - não pelas hostilidades dos Carijós contra os missionários, pois esses nativos, em grande parte, já estavam aldeados sob a tutela dos missionários; os outros, acossados pelos espanhóis do Uruguay e pelos sertanistas paulistas, vinham pedir a paz e entregar-se voluntariamente ao cativeiro; mas isto o faziam pela falta absoluta de missionários que haviam sido tumultuosamente expulsos de São Paulo e de toda a Capitania, em 1640.

Essa primeira expulsão dos Jesuítas perdurou até o ano de 1654, que foi quando os missionários voltaram para de novo tomarem posse de suas Casas e Colégios. No ano de 1687, porém, os paulistas tentaram ainda expulsar os Jesuítas da Capitania. [Página 735]

(...) que dava entrada para o 1° salão da Casa da Câmara, logo mandou aos carpinteiros que lhe metessem os machados, executando-se o mesmo com as mais portas, que fechadas impediam o ingresso para a sala do conselho. Estando dentro mandou fazer o mesmo a uma arca de madeira grossa, dentro da qual se conservava a dos Pelouros, que tinha feito o intruso Ouvidor José Ortiz de Camargo no ano de 1652 como temos referido.

Quebrada também a arca dos Pelouros foram estes dados ao fogo na presença do mesmo Desembargador Ouvidor Geral em ata da Câmara. E logo procedendo uma nova canônica Eleição de Pelouros (para os quais havia já muitos dias mandado publicar seu Edital, o qual serviu de aviso para o disposto atendido, que executou Jeronimo de Camargo) saíram eleitos, e no mesmo ato tomaram posse para Juízes Ordinários em 1653 e 1654 Domingos Garcia Velho e Domingos Roiz de Mesquita; para Vereadores o Capm. Francisco Cubas; Calixto da Motta, e Gaspar Corrêa o moço; Procurador do Conselho Sebastião Miz. Pereira.

Depois em 7 de junho do mesmo ano, tornou Desembargador Corregedor á Câmara e proveu em 28 Capítulos de sua Correição, admiráveis preceitos que até hoje servem de um público testemunho da sua grande jurisprudência, zelo, e retidão pelo serviço do Rei e de Deus, com utilidade do público e moradores de São Paulo. Archivo da Câmara de São Paulo, 1° de vereanças 1651 página 56.

Esse procedimento despertou novos estímulos do ardor e ódio, no desprezado e repelido Ouvidor José Ortiz de Camargo, que como cabeça do bando, e séquito da família do seu apelido, unido com seu irmão Fernando de Camargo do cap. 1° retro passou a Bahia a solicitar novas ordens para a restituição da posse do lugar de Ouvidor da Comarca de que se achava espoliado.

E era grande o seu respeito, e não desigual o seu Cabedal, concorreram-lhe a fazerem-lhe bolça os seus mesmos parentes, ou já como interessados no despique, ou como ofendidos no desprezo. Tendo conseguido na Bahia os efeitos desejados, e recolhendo-se a São Paulo sua pátria, protestou por cartas de aviso, que adiantou, que o seu ânimo era conservar a sua jurisdição, a paz e o sossego público, sem alteração de novidade, porém os ânimos dos magoados se por uma consideração se capacitavam da devida obediência e cumprimento das ordens do Superior Governo do Estado, que trazia José Ortiz de Camargo, por outras razões que lhe ditava o temor, receavam dar-lhe posse. Serenou esta aflição de perturbações a advertência, que houve de se tomar um Acordão de transação e amigável composição celebrado em 9 de fevereiro de 1654 no Colégio dos Padres Jesuítas sendo presente a este ato o Padre Antonio Roiz, como reitor do dito Colégio e o Reverendo Visitador Simão de Vasconcelos com os Prelados das mais Religiões: [Revista do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo, volumes 20-21, 1918. Páginas 747 e 748]