Nomeado secretário em 1756, Tomé Joaquim seguiu executando os despachos regulares desta repartição, tais como os avisos ao Conselho Ultramarino e os diversos ofícios trocados com os governadores coloniais.
Mas devemos logo mensurar as medidas de maior impacto sobre a colônia, promovidas durante o seu ministério. Figura neste período, entre 1756 e 1760, a criação da Companhia Geral de Comércio de Pernambuco e Paraíba, a publicação do Diretório dos Índios, além de todo o processo de enfrentamento e expulsão dos jesuítas.
Tomé Joaquim teria, sem dúvida, trabalhado na execução dessas medidas. Mas nenhuma delas teria sido planejada ou idealizada no âmbito da Secretaria do Ultramar. Desconhecemos algo que se assemelhe à companhia asiática de Feliciano Velho Oldemberg.
Com Tomé Joaquim, a secretaria teria mantido, claro, a sua centralidade institucional na comunicação cotidiana com os governadores e oficiais do império, ao promover e articular as políticas coloniais. Não obstante, são claramente os projetos de Sebastião José de Carvalho que se promovem neste momento.
Pouco se sabe dos motivos que levaram à nomeação de Tomé Joaquim para a Secretaria do Ultramar, ou mesmo de sua relação com Pombal. Há o relato de que antes de sua nomeação, Sebastião José se servia dele como “espia” no Conselho Ultramarino e para o trato dos “negócios da América”. Contudo, no mesmo documento também se afirma que Tomé Joaquim, após ser nomeado, “não se sujeitou muito” a Pombal.
Ainda mais difícil do que analisar o ministério de Tomé Joaquim da Costa é descobrir os motivos de sua demissão, em 1760. De acordo com José Gramoza, o ministro apenas se encontrava doente, “inabilitando-se por moléstia”214. Mas também há o relato (ou o boato) de que a sua demissão fora causada, na verdade, por uma carta comprometedora, descoberta em posse de um jesuíta prisioneiro da Coroa [História política econômica do reinado de S. Rei D. José I. Loc. Cit. fl. 26v.].
Assim como Diogo de Mendonça, Tomé Joaquim deveria receber um estudo mais aprofundado. Forma de analisar mais detidamente as suas relações com Pombal e a atuação da Secretaria do Ultramar durante o seu ministério. A repartição parece, pois, manter as suas prerrogativas, mas é certo que, a esta altura, não deviam ser favoráveis as condições para quem quisesse se contrapor às políticas de Sebastião José de Carvalho.
Para o lugar de Tomé Joaquim da Costa na Secretaria do Ultramar veio depois a ser nomeado, em 1760, Francisco Xavier de Mendonça Furtado. A partir daí não há mais espaço para quaisquer dúvidas. O governo pombalino, que se estende do reino à direção dos domínios ultramarinos, se torna, enfim, algo inequívoco e inquestionável.
De dois irmãos que teve o Marquês de Pombal, um era chamado Francisco Xavier de Mendonça, empregado oficial do corpo da Marinha, e que depois veio a ser ministro daquela repartição, quando voltou do seu governo da Capitania do Grão-Pará, em cujo governo executou as ordens d’El Rei a respeito dos Jesuítas Portugueses, no Uraguai, e fundou a Vila de Mazagão, para ser habitada pelo povo português que saíra da praça de mesmo nome, no Reino de Marrocos [...] 216.
Jácome Ratton, o francês que vivia na corte de Lisboa durante o ministério de Sebastião José de Carvalho, dizia que o irmão de Pombal fora um “ministro muito ativo na sua repartição: mui poucos eram os dias que faltava na Ribeira das naus; e no seu tempo se construíram muitas embarcações de guerra, tanto em Lisboa, como no Brasil”.
Segundo Ratton, Francisco Xavier de Mendonça e Sebastião José habitavam o mesmo “barracão” em Belém. Compartilhavam ideias e dividiam os negócios entre si. Para o historiador Joaquim Romero Magalhães foi, de fato, a partir de 1760, com a nomeação de Francisco Xavier de Mendonça, que pode começar a “falar-se com rigor de administração e de política ‘pombalina’ para o ultramar”.
Algumas medidas importantes, como a criação das companhias de comércio, na qual Sebastião José teve parte vital no processo, já vinham de anos antes; mas Joaquim Romero Magalhães também tem razão ao apontar, por outro lado, que no período posterior a 1760, Pombal parece ter interferido mais diretamente na nomeação de governadores para o ultramar, “conseguindo enviar gente sua”.
Seria o caso não só de Francisco Inocêncio de Sousa Coutinho, governador de Angola (1764-1772), e do Marquês de Lavradio, enviado para o governo da Bahia em 1767, mas também de Antônio Álvares da Cunha, o Conde da Cunha, Vice-Rei do Brasil (1763-1767), e de Luís Antônio de Sousa, o Morgado de Mateus, nomeado governador da capitania de São Paulo (1765-1775).
Governadores que teriam mantido uma importante (e constante) correspondência com Sebastião José, sendo o próprio Pombal o responsável direto por algumas das mais elaboradas instruções de governo que passaram a ser remetidas aos oficiais do império. É o caso, por exemplo, das instruções de 26 de janeiro de 1765, para o Vice-Rei.
