Por mais que houvesse enorme resistência por parte dos povos indígenas, as aldeias tomavam cada vez mais um caráter de assentamentos coloniais. Assim, ficava explícita a
diferença entre os sujeitos do “sertão” e aqueles sob domínio religioso, iniciados na doutrina cristã. Todas as aldeias eram amparadas com terras, e antes de reconhecer algum direito aos indígenas, a doação significava uma relação de sujeição. De todo modo, o estabelecimento das primeiras aldeias não foi instantâneo. Ele foi marcado por um período de intenso conflito. Por exemplo, as aldeias de Pinheiros e de São Miguel, apesar de terem sido fundadas junto com a Vila de São Paulo, só se configuraram territorialmente cerca de 20 anos depois, em 1580. É explícito que a “porta do sertão” não foi imediatamente descortinada pelos colonizadores.
