Quanto à mudança de local do convento, que ficava na antiga Rua do Sal com Rua Santo Antônio, que já foi conhecida como Rua São Francisco, nada se sabe, visto que o primeiro convento teria sido terminado em 1590. O terreno foi comprado porque provavelmente os frades queriam ampliar sua fundação, pois a ermida da Graça era muito pequena para abrigar todos os religiosos.

Em 2 de dezembro de 1599, comprou-se de Antônio Gonçalves parte do terreno onde ficaria o atual convento; o subprior de então, frei Lourenço da Conceição, comprou de Antônio Gonçalves 4 braças e meia de chão com uma morada de casas por RS 46$000. Este não queria vendê-la, dirigindo-se frei Lourenço, por intermédio do Capitão-mor e Governador da Capitania de São Vicente, a Lopo de Souza, que ordenou ao acima citado a vender o terreno para a construção de um convento, o que seria para a maior glória de Deus (conforme o maço n° 1, doc. 25). [3306]