Poucos dias após sua chegada aqui, em março de 1549, escrevia:

“Também me contou pessoa fidedigna que as raízes de que cá se faz pão, que São Tomé as deu, porque cá não tinham pão”.

E, em data posterior, acrescenta:

“Dizem os índios que São Tomé passou por aqui e isto lhes foi dito por seus antepassados e que suas pisadas estão sinaladas junto de um rio, as quais eu fui ver, por mais certeza da verdade, e vi com os próprios olhos quatro pisadas sinaladas com seus dedos. Dizem que quando deixou estas pisadas ia fugindo dos índios que o queriam flechar, e chegando ali se abrira o rio e passara por meio dele a outra parte sem se molhar. Contam que, quando queriam o flechar os índios, as flechas se tornavam para eles e os matos lhe faziam caminho para onde passasse”.

Constata-se nesse relato do padre Manoel da Nóbrega a intenção missionária de São Tomé, espalhando por estas plagas brasílicas a palavra de Deus, e deixando visíveis as marcas de sua passagem em vários lugares conhecidos.