Apurada a votação, em 25 de fevereiro de 1891, foi obtido o seguinte resultado na eleição para presidente: Deodoro da Fonseca - eleito com 129 votos; Prudente de Morais - 97 votos; Floriano Peixoto - 3 votos; Joaquim Saldanha Marinho - 2 votos; José Higino Duarte Pereira - 1 voto; cédulas em branco - 2. Para vice-presidente foi eleito o candidato da oposição, Marechal Floriano Peixoto, com 153 votos, contra 57 recebidos pelo Almirante Wandenkolk. Quintino Bocaiuva renunciando ao mandato para retornar ao jornalismo, à frente de O Paiz.