A 8 de fevereiro Salvador conseguiu depor Agostinho Barbalho: só o fez depois que chegou ao Rio de Janeiro Manuel Freire de Andrada como general da frota da Companhia de Comércio e seu irmão, o Almirante Francisco Freire. Com eles, compôs uma Junta irregular que mandou decapitar imediatamente Jerônimo Barbalho. Ficou entregue à Câmara o governo. Salvador chegou ao Rio com o filho, com quem se encontrou em Angra dos Reis vindo da região das Minas, de criados e escravos. Apoderou-se do corpo-de-guarda, do armazém e outros pontos fortificados e uniu-se aos seus amigos, tomando a cidade. Convocada a Corte Marcial, condenou à morte Jerônimo Barbalho. Alguns chefes da rebelião foram enviados para a Bahia. Não se fez nada contra o povo em geral. A execução de Barbalho aumentou o clima desfavorável.