No recém criado Seminário, Rubino passou cerca de quatro anos estudando humanidades e depois teologia. Isso lhe possibilitou a aproprialão de uma gama de conhecimentos que o ajudariam mais tarte. Logo que o Seminário Epsicopal em São Paulo foi inaugurado em 1856, correu matricular-se, talvez desejoso de adotar a carreira eclesiástica. Lá era um dos refugios intelectuais do Brasil para aqueles em quem sobrava talento e minguavam posses.