Relacionado ao genocídio do povo indígena e ao início do processo de escravidão na América, Colombo também enfrentou problemas causados por sua personalidade tirânica na Espanha. Quando o rei Fernando II de Aragão e a rainha Isabel souberam das atrocidades que o navegador vinha cometendo no Novo Mundo, um comissário real foi enviado para prender Colombo em 1500. Capturado e levado de volta para seu país natal, o explorador foi oficialmente destituído de seu cargo e levado para a prisão.