Em 1572, Balthazar esteve num ajuntamento (= Reunião) em São Paulo. Em 1578 foi eleito Juiz Ordinário e a 30/1/1579, toma posse como Juiz Ordinário da Vila de São Paulo. No entanto, parece que, alguma suspeita quanto à sua progênie deve ter sido feita e Baltazar recorreu ao Capitão-Mór de São Vicente, que lhe garantiu a posse. Balthazar de Moraes constrangido por tais suspeitas, abandona o posto e segue para Portugal a 19/4/1579 com o único objetivo de obter provas formais de que era cristão velho de conhecida e nobre linhagem, por considerar tal prova necessária para sua justiça e abonação de sua pessoa.