Em 1797 entrava ele êle para o Ministério Português, na qualidade de Ministro da Guerra. No trono sentava- se então D. Maria I, mas, dada a demência da Soberana, era seu filho, o Príncipe D. João, herdeiro presuntivo da corôa, quem governava de fato, embora com o título de regente.

D. Rodrigo foi encontrar na sua pasta, à espera de solução, a proposta dos Capitães-mores de Sorocaba e Itú para a restauração da fábrica de ferro do morro Araçoiaba, e não repugna admitir que tal proposta fosse o ponto de partida das suas cogitações sôbre aquele negócio.

A proposta continuou sem solução, pois o Ministro, enfronhando - se cuidadosamente do assunto, chegou à convicção de que aos proponentes faltariam recursos para uma tentativa mais viável do que as anteriores; e no seu espírito se esboçou desde logo um plano de exploração encabeçado pelo governo da Metrópole.

O influxo benéfico do novo ministro não tardou a se fazer sentir; temos uma prova disso nas providências que assinalaram o governo do Capitão General Antonio Manoel de Melo Castro e Mendonça, providências já sumariadas no precedente capítulo. D. Rodrigo procurou a colaboração de alguns brasileiros de mérito, ouvindo- os de bom grado e facilitando- lhes a imprensa.

A história do Brasil, diz o Visconde de Porto Seguro, não pode evocar o nome de Linhares sem reconhecimento sem ver nele um grande patriota, pois do próprio Brasil descendia ele pelo lado materno. Um dos brasileiros por ele distinguido foi José Bonifácio de Andrada e Silva , o futuro Patriarca da Independência. D. Rodrigo fez dele o Intendente Geral das minas de Portugal, onde José Bonifácio então residia.