Manoel faleceu em 18 de Agosto de 1692, em São Paulo, SP, e foi sepultado na igreja da Ordem Terceira do Carmo. Em seu testamento, Manoel declara:Rogo a meu filho Manuel Pacheco Gato e a meu filho Martinho Paes de Linhares, por serviço de Deus, e por me fazer mercê, queiram ser meus testamenteiros. Meu corpo será sepultado na capela dos irmãos terceiros de Nossa Senhora do Monte do Carmo. Declaro que sou casado à face da igreja com Anna da Veiga de quem tenho cinco filhos e uma filha que todos são meus legítimos herdeiros. Declaro que dotei a minha filha e lhe tenho pago o que lhe prometi. Declaro que tenho uns chãos no outão das casas do defunto Cornélio Rodrigues de Arzão. E assim mais tenho nas cabeceiras de Bouguassu [Embu-Guaçu] e na paragem aonde agora moro e lavro. Declaro que destas terras tenho dado à minha filha trezentas braças de testada de sertão das cabeceiras de Bou da paragem onde moro. Declaro que dei uma armação a meu filho Manuel Pacheco. Declaro mais que tenho cem braças de terras por uma escritura que tenho de minha tia AnnaRodrigues na paragem chamada Tapiipissapé [Itapecerica da Serra]; e junto a estas tenho outras 63 braças que comprei de minha tia Elvira Rodrigues, das quais também tenho escritura. E por não poder escrever roguei a João Gonçalves do Prado, este por mim fizesse e assinasse como testemunha. E ao final da partilha, o juiz, Pedro Ortiz de Camargo declarou:E ficou líqüido para partir entre a viúva e herdeiros 25$460 réis. Todos estes bens lançados ficam entregues á viúva, por assim o requererem seus filhos, que não queriam tirar nada sua mãe, por ser uma limitação. E fica a viúva obrigada a pagar o funeral e legados e custas e revista do testamento, por se ficar com toda a fazenda por em cheio, a consentimento de seus