A ideia da Fundação da Irmandade da Misericórdia de Sorocaba e o hospital foi obra do português Francisco José de Souza, que vindo do Porto, em Sorocaba se casou com Maria Floriana de Madureira, filha do Capitão mor da cidade, Cláudio de Madureira Calheiros.
Francisco José de Souza trabalhou em Portugal na Santa Casa de Misericórdia e vendo em Sorocaba a precariedade e a falta de cuidados para com os doentes da vila fez contato com o Capitão Geral da Província de São Paulo (hoje equivalente a governador), Antonio José de França Horta, para, através da Irmandade da Misericórdia, construir uma Santa Casa.
O dito Capitão não só autorizou como enviou à Câmara de Sorocaba, uma carta comunicando sua aprovação, bem como solicitando o apoio, através do exemplo generoso dos Srs. Representantes do povo, exortando os demais “moradores distintos e abonados”.
Em 29 de julho de 1803, deu-se início ao projeto de fundação da Irmandade da Misericórdia e da construção de um hospital.
O objetivo principal das Irmandades da Misericórdia era praticar a misericórdia, sob a proteção de Nossa Senhora das Misericórdias, invocação usada desde 1320 na Itália, para nomear uma irmandade em Florença, cujo objetivo era enterrar os mortos estrangeiros que ficavam nas ruas e não tinham quem os enterrasse.
As Santas Casas tinham a finalidade de curar os pobres enfermos e os miseráveis.
Em 29 de setembro de 1803 foi iniciada a arrecadação, tendo o livro sido aberto com a doação do próprio Capitão Geral, no valor de 20$000 (vinte contos de reis), e em seguida com a doação o de Francisco José de Souza de 200$000 (duzentos contos de reis), assumindo vários outros compromissos anuais até que o hospital fosse autossuficiente.
Muitas famílias importantes da comunidade, cujos descendentes ainda moram em Sorocaba nos dias atuais, também ajudaram financeiramente na obra.
Foi adquirido um terreno no final da rua em frente à Igreja de Santo Antônio (nada tem a ver com a atual Igreja de Santo Antônio, na Árvore Grande), e que passou a denominar-se “Rua do Hospital”, hoje rua Álvaro Soares, esquina com a “Rua do Comércio”, atualmente rua Souza Pereira. Essa Igreja também passou a ser tratada como Igreja da Misericórdia, pois era lá que a Irmandade se reunia. E em outubro de 1804, foi colocada a pedra fundamental.
