Filho do príncipe d. João e de sua mulher a princesa d. Joana, filha de Carlos V, neto portanto de d. João III, foi este o 16° rei de Portugal. Nasceu algumas semanas depois da morte de seu pai. A educação, que o moço monarca recebera, havia feito dele um exaltado, quase um fanático. Só devaneava combates contra os inimigos da fé e se tornou ideia fixa em seu espirito o desejo de recuperar as praças da África, abandonadas por seu avô, e de reconquistas o império de Marrocos. [Jornal A Gazetinha, 22.02.1940. Página 10]
Em 1554, o príncipe herdeiro do trono português, D. João Manuel e sua esposa, Joana da Áustria, conceberam um filho do sexo masculino, batizado Sebastião, logo chamado de "o Desejado", pois seu nascimento assegurava a Dinastia de Avis no trono de Portugal, já que os oito primeiros filhos do seu avô, o rei D. João III, haviam morrido.
D. João Miguel teve o mesmo destino dos irmãos, morrendo menos de 20 dias antes do nascimento de seu filho. Assim, a expectativa de que o futuro rei produzisse semente era muito grande. Porém, logo na juventude, D. Sebastião, que herdara o trono aos 14 anos, fez voto de castidade, o que despertou preocupação sobre o futuro da monarquia.
