As ameaças não surtiram efeitos. Nada intimidava os paulistas. Em 7 de outubro de 1647 o rei lhes concedia alvará de perdão, o qual só teria efeito depois da restituição dos bens dos padres. Fato que resultou na reclamação dos paulistas de que “a fazenda, gados e escravos do gentio que os jesuítas possuíam naquela vila eram superiores aos dos moradores todos juntos.” E aproveitavam da ocasião para mostrar como eram diferentes os outros religiosos da capitania, carmelitas, beneditinos e franciscanos: “como nenhuns se teve dúvidas e todos vivem administrando suas obrigações como religiosos com muita correspondência com os moradores e só com a os da Companhia tiveram encontros, e é porque os mais tratam do serviço de Deus e administração dos sacramentos, e eles seus interesses.” () [apud, Silva, 2009, p.55]
1° de fonte(s) [24528] “Na capitania de São Vicente”. Washington Luís (1869-1957), 11° presidente do Brasil Data: 1957, ver ano (98 registros)
O caso teve solução em virtude do Alvará de D. João IV de 7 de outubro de 1647 que resolveu conceder perdão aos moradores da vila de S. Paulo de todas e quaisquer culpas que tivessem cometido na expulsão dos jesuítas, reservando-lhes (aos jesuítas) para demandarem no cível perdas e danos, com a declaração de que o perdão concedido só teria efeito “depois de restituídos os padres da Companhia de tudo que tinham na capitania (Documento publicado na Rev. do Inst. Geog. de S. Paulo, por Leite Cordeiro, vol. 51, pág. 300, extraído do Arquivo Histórico Ultramarino de Lisboa).
2° de fonte(s) [21228] “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”. Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador Data: 2014, ver ano (136 registros)
Por ter participado, em 1640, juntamente com outras lideranças paulistas, do episódio da expulsão dos jesuítas de São Paulo, foi castigado pela Igreja, sofrendo a pena de excomunhão. Os paulistas justificavam a decisão, diante do fato dos padres terem extrapolado as suas funções, indo além do poder espiritual, interferindo nas questões políticas do povoado. Pesou, principalmente, na decisão dos paulistas, a publicação da bula do Papa Urbano VIII, que proibiu a escravização dos nativos, uma causa defendida pelos jesuítas. Em 1647, esclarecidos os fatos, um alvará régio suspendeu a pena de excomunhão.
