Francisco de Sousa (ca. 1540 — 1611) foi um fidalgo português, sétimo governador do Brasil. Por vezes é confundido com o primeiro marquês das Minas, título que foi efetivamente usado por seu neto, de mesmo nome, Francisco de Sousa.
Filipe II era afeiçoado ao conde do Prado, seu pai. D. Francisco se tornou um palaciano prestigioso.
Governou por dois períodos, no segundo tinha a promessa do título de Marquês das Minas que se haviam descoberto na capitania de São Vicente.
Disse-se de sua pessoa: "Como o efeito não correspondeu à esperança, não teve o título e morreu muito pobre na capitania. Era cavaleiro de muitas prendas, grande soldado, grandemente liberal e cortesão. Foi almirante da armada que levou à África o rei Dom Sebastião, de que era general seu tio Dom Diogo de Sousa."[1]
D. Francisco de Souza, sobrinho neto do rei D. Afonso 3º, bisneto do primeiroConde do Prado e filho de Pedro de Souza, senhor de Beringel, e de D. ViolanteHenriques, filha do Conde de Bobadela, serviu em Tanger sob as ordens de D. João deMenezes.425 Seu avô paterno, homônimo, foi preso em Beja por ordem de D Manuel, e,mais tarde, embarcado para a Índia, onde teria endoidecido de paixão. “Dizem que era muito inclinado a furtar” e tinha outros vícios. [2]