Durante o seu período como donatário, as vilas de Santos, São Paulo e São Vicente (que haviam sido tomadas pelo Conde de Monsanto em 1624, causando a fundação da Capitania de Itanhaém) passaram a ficar sob o seu controle. [Memórias para a História da capitania de São Vicente p.186] Porém, Alvaro Pires de Castro e Souza, marquês de Cascais e descendente dos condes de Monsanto, retirou a vila de São Vicente do controle do Conde da Ilha do Príncipe em 1682; ["Novo Milênio: Calixto e as Capitanias Paulistas - No. 12"]
Como na sua provisão ordenava o governador-geral, que o provedor, depois de demarcadas as duas capitanias, atestasse quais eram as terras, e vilas competentes a cada um dos donatários, e aos camaristas mandava, que restituíssem ao conde tudo quanto se achasse pertencer-lhe; com este fundamento apresentou Álvaro Luís do Vale aos oficiais da Câmara de S. Vicente no dia 6 de fevereiro de 1624 os autos da medição, certidão do provedor, sentença da relação, e provisão do governador-geral, requerendo, que apossassem a seu constituinte das três Vilas São Vicente, Santos e São Paulo, visto demorarem nas 10 léguas de Pedro Lopes, segundo constava dos documentos por ele oferecidos.
Achava-se ausente em S. Paulo, o capitão-mor João de Moura Fogaça e Domingos de Freitas opôs-se fortemente ao requerimento de Vale, suplicando, que não desapossassem a condessa das vilas e terras existentes ao sul da barra da Bertioga e a Fogaça conservassem nos postos de capitão, e ouvidor da Capitania de S. Vicente e concluiu apelando ante omniade todo o procedimento contrário à sua petição. A Vale deferiram os vereadores, como pedia e a Freitas responderam:
“Não somos juízes nesta causa mais, que para dar cumprimento à sentença da relação e à provisão do Senhor governador-geral Diogo Furtado de Mendonça, em que nos manda não admitamos dúvida, nem embargo algum mais, do que dar cumprimento ao que S. Majestade manda, conforme as diligências cometidas ao provedor, conforme os autos, que disso se fizeram; e remetemos tudo à relação com o traslado da provisão do Senhor Governador e papéis, que necessários forem. Em os 6 de fevereiro de 1624.” [1]
1° de fonte(s) [8971] A Capitania de Conceição de Itanhaém. Consultado no site da Prefeitura de Itanhaém (itanhaem.sp.gov.br) Data: 17 de maio de 2023, ver ano (476 registros)
Em vista da pendência com o Conde de Monsanto, a Condessa de Vimieiros transferiu a sede de sua Capitania para a vila de Conceição de Itanhaém, que se tornava assim o centro de grande região, abrangendo seu domínio, Ubatuba, Angra dos Reis, Cabo Frio, Parati, Iguape, Cananéia, Sorocaba, Mogi das Cruzes, Guaratinguetá, Taubaté, São José dos Campos, Paranaguá.
A Capitania de Itanhaém foi fruto de acirrada pendência entre os herdeiros de Martim Afonso de Souza e seu irmão Pêro Lopes de Souza, sendo criada em 6 de fevereiro de 1624. Foi a Condessa de Vimieiros, Dona Mariana de Souza Guerra, casada com D. Francisco de Faro, o Conde de Vimieiros, repelida da sua Vila Capital de São Vicente, bem como de Santos, São Paulo e de Mogi das Cruzes – eram estas as Vilas que estavam eretas neste tempo em Serra acima.
Vendo-se assim, a Condessa de Vimieiros, fez então, Cabeça de Capitania, a sua antiga Vila de Nossa Senhora da Conceição de Itanhaém, e, para governarem esta nova Capitania de Itanhaém. O primeiro Governador e Ouvidor da Capitania de Itanhaém em nome da Condessa de Vimieiros, o Capitão João Moura Fogaça, o qual governou com ampla jurisdição até a Cidade de Cabo Frio, desde o ano de 1624 até o de 1645, em nome da referida Condessa.