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Outro facto é também digno de narrar-se; pela provisão de 9 de março de 1583 foi Manuel de Quadros nomeado visitador e reformador da Universidade - 09/03/1583 de ( registros)
Com a Universidade de Coimbra deu-se o seguinte facto, logo no começo do reinado de Filipe. Em fevereiro de 1580, pouco depois da morte do cardeal rei D. Henrique, apresentou-se ao claustro da Universidade o Dr. João Nogueira, com uma provisão dos governadores do reino, na qual permitiam a todos os lentes, que não fossem desembargadores, dar o seu parecer dentro de oito dias, sobre a sucessão do trono. Quis, porém, a má estrela da Universidade, que D. António, prior do Crato, lhe escrevesse uma carta, datada de Santarém aos 20 de junho do mesmo ano, dando conta de ter sido aclamado rei em diversos lugares do reino. A Universidade resolveu em claustro que se fizesse uma procissão, em acção de graças, desde a sua capela até Santa Cruz; e no mesmo claustro foram eleitos, para irem dar obediência ao nosso rei, reconhece-lo como tal e fazer-lhe a entrega da protectoria, o reitor Fernão Moniz Mascarenhas e Fr. Luís Sotto Mayor. Em 13 de dezembro voltou o reitor, disse em claustro que era desnecessário dar conta do desempenho da sua missão, pois de todos era já sabido que o rei de Castela estava reconhecido como rei de Portugal. Em vista desta declaração deliberou-se que o próprio reitor, encarregado havia pouco de cumprimenta o prior do Crato, fosse agora com os lentes da sua escolha, dar obediência a Filipe I. Este acto cerimonial realizou-se em Elvas a 20 de dezembro de 1580, sendo a Universidade representada por D. Jorge de Ataíde e D. Afonso Castelo Branco. Tornou-se a fazer outra procissão solene, quando o reitor, em voltando, trouxe carta de el-rei, datada de Elvas a 25 de fevereiro de 1581, na qual significava o contentamento que sentira pela obediência da Universidade, e com o ser declarado seu protector. Mas Filipe não era homem que deixasse sem castigos os sentimentos que a Universidade manifestara ao prior do Crato. Pedro de Alpoim, colegial de S. Pedro e lente do Código, foi degolado em Lisboa; frei Luís de Sotto Mayor privado da cadeira grande de Escritura; frei Agostinho da Trindade, da de Escoto; frei Luís foi depois restituído, mas frei Agostinho ausentou-se para França, e foi lente de Teologia na Universidade de Tolosa; João Rodrigues de Vasconcelos, que trouxera a carta do prior do Crato, foi preso e morreu na prisão. Outro facto é também digno de narrar-se; pela provisão de 9 de março de 1583 foi Manuel de Quadros nomeado visitador e reformador da Universidade; tomou posse do cargo e prestou, juramento a 21 de março do mesmo ano. O visitador vinha encarregado de construir escolas para a Universidade, mas os seus esforços estacaram afinal pela falta de dinheiro. A Universidade pediu a Filipe I que lhe cedesse os paços reais para neles se assentarem as escolas, que lá estavam havia já 40 anos. O rei respondeu, em 30 de setembro do referido ano de 1583, que, embora desejasse fazer muitas mercês à Universidade, não era conveniente a seu serviço dar-lhe os seus paços, que aliás, em sendo desocupados pela Universidade, tencionava mandar concertar, para poder em algum tempo ir a eles, como desejava. Filipe nunca realizou o desejo que disse ter de ir aos paços de Coimbra. Anos depois, em 1597, o mesmo monarca vendeu à Universidade esses mesmos paços por 30 mil cruzados. Neste sentido foi expedido um alvará em 17 de maio de 1597, e se fez a carta de venda, em nome do rei, a 16 de setembro do mesmo ano. No reinado de Filipe I recebeu a Universidade estatutos por duas vezes, uma em 1592, sendo trazidos de Madrid pelo Dr. António Vaz Cabaço, resultantes da reformação operada por Manuel de Quadros; outra, os novos estatutos confirmados em 8 de junho de 1597, e trazidos de Madrid pelo Dr. Rui Lopes da Veiga.
