Pedro Nunes casou primeira vez com Izabel Fernandes falecida com testamento redigido aos 22-04-1607 quando estava doente (SAESP 5º, neste site). Nele, além de determinações pias e recomendações ao marido, à filha e ao genro, comprou com sua meação a alforria de Lourenço, filho de Pedro Nunes. Viveu ainda uns meses e veio a falecer em agosto do mesmo ano. Por sua morte se fez o inventário dos bens do casal, iniciado aos 10-09-1607 no sitio em que moravam na paragem Ipiranga. Pedro e Izabel tiveram apenas uma filha, Maria Nunes, que foi casada com André Fernandes. Maria faleceu antes do pai e teve o filho único, Pedro Fernandes que herdou diretamente no inventário do avô materno. Pedro Fernandes casou com Ana Tenório, filha Clemente Alvares e Maria Tenório, com geração em SL VI, 432 e seguintes.
