Como já apontamos, o estabelecimento desse regime de trabalho abalou a comunidades indígenas que se rebelaram contra ele (Súsnik, 1965, 1982; Nécker, 1990; Roleta, 1993; Velázque, 1965, 1982), e embora os diferentes presidentes ditassem regulamentações para controlar o tratamento dos indígenas, registraram revoltas contra o regime deixam evidente que esta legislação não foi cumprida. Neste quadro, como parte das respostas dos nativos em relação às encomiendas podemos incluir sua fuga para o Brasil. Muito se tem escrito sobre o despovoamento desta região devido às bandeiras Paulistas que vinham em busca de mão de obra indígena para os engenhos portugueses, além de vir em busca de mão de obra para as minas da capitania de São Vicente (Mendonça, 1985). A violência causada pelas bandeiras entre os cidades guaranis e vilas espanholas, mas, apesar disso, parte da documentação percebe que os Guarani partiram de boa vontade para o Brasil, porque "querem ir com seus parentes para São Paulo”. [ANA SC. volume 5 no. 17. 6 de março de 1676. O advogado José Mongelos y Garcés faz uma lista descrição detalhada do movimento dos portugueses e Diez de Andino que saiu para persegui-los. F. 114. Dinámicas socio-culturales entre los grupos guaraníes frente a la violencia del régimen de encomienda. Paraguay (siglos XVI-XVII), Macarena Perusset. Página 17]
