Destaca-se que a cidade o nome de Cotia, porque nela viviam muitas espécies de mamíferos roedores chamados Kutis. Estes animais acompanhavam os índios e demonstravam comportamentos similares às espécies de estimação. Outras citações sobre a procedência do nome também estão relacionadas às características locais como; Akuti e ou Kuti, com significado de morada, a casa; Kutia significa ponto de encontro e a variante em tupi indicando barco, canoa, pois Cotia sempre foi uma região pontuada por rios, riachos e ribeirões.
No entanto, a versão mais lembrada para a origem do nome advém dos mamíferos roedores de mesmo nome, as kutis, considerados animais de estimação pelos indígenas.Quando os padres foram catequizar os índios, espantavam–se ao ver as kutis acompanhando os índios para as roças, seguindo–os como se domesticadas fossem. Os caminhos que as kutis percorriam formavam sinuosas trilhas na mata, e nossa cidade teria ficado conhecida como região onde viviam as kutis (que até hoje podem ser encontradas em fragmentos florestais da cidade, como a Reserva Florestal do Morro Grande).
A cidade existe oficialmente desde a criação da Sesmaria em 12 de outubro de 1580. Era uma Aldeia Carijó criada pelos padres jesuítas - nação nativa que em sua diáspora amazônica criou várias aldeias ao longo do litoral, sempre a nomeando como Aku’ti. Esta Sesmaria, terra doada, criava a dos Índios de Pinheiros e Barueri, e nela cabiam Carapicuiba, Koty, Embu, Itapevi, Barueri.
Cotia era uma povoação de beira de estrada, ponto de parada para os tropeiros, por onde passava uma das principais rotas que interligavam São Paulo ao sul do país e ao oeste do Estado, que corresponde atualmente à rodovia Raposo Tavares cujo nome é uma homenagem aos bandeirantes que estabeleceu esta rota e praticamente definiu as atuais fronteiras do Brasil ao sul.Mais tarde, a cidade passou a chamar-se Cuty e depois Acutia. O primeiro registro em que a localidade é referida como Acutia foi feito por Hans Staden, no século XVI, quando publicou um livro sobre o Brasil.
