Balthazar Fernandes também se destaca por ter sido excomungado duas vezes pelo Santo Ofício da Inquisição.
A primeira depois de uma expedição comandada por seu irmão, André Fernandes, fundador da vila de Santana de Parnaíba, tendo ainda por capitães Francisco de Paiva, fulano Pedroso, Domingos Álvares e Baltazar Fernandes, fundador da vila de Sorocaba e irmão de André Fernandes.
Os paulistas foram responsabilizados pela morte de uma das maiores autoridades da Igreja nas Américas, o Padre Diogo de Alfaro, comissário do Santo Ofício, juiz comissário contra os portugueses, reitor do Colégio de Assunção do Paraguai e superior de todas as reduções indígenas. Em 18 de abril de 1639 ele havia sido enviado pela Inquisição de Lima para investigar o comportamento dos “rebeldes” paulistas e excomungar os desobedientes [27494], quando foi assassinado com um tiro no rosto quando tentava punir outro grupo de bandeirantes, que incluía André Fernandes, fundador de Santana de Parnaíba, e seu irmão, Baltazar Fernandes, fundador da vila de Sorocaba.
Alguns não tem dúvidas ao afirmar que
foi Baltazar, aliás, quem disparou a arma. Antes desses incidentes, entre 1628 e 1629, uma expedição que partiu de São Paulo varreu todo o esforço missionário na região que atualmente compreende Paraná, Santa Catarina e Mato Grosso do Sul. [28299]
André foi "Uno de los maiores piratas y más cruel matadores de indios que fueron al serton", diz dele um cronista jesuíta.
Em oposição, Sérgio Coelho de Oliveira, jornalista e historiador, em “Baltazar Fernandes: Culpado ou Inocente?”, afirma que:
"Um único episódio estabelece uma relação entre Baltazar Fernandes e o padre Diego de Alfaro, advindo daí, talvez, o boato de que teria sido ele o matador do padre. Esse fato ocorreu, em fevereiro de 1638, quando o padre Diego de Alfaro adverte
"o capitão André Fernandes, Baltazar Fernandes, o capitão fulano Pedroso,o capitão Domingos Álvares e fulano Prieto y otros muchos portugueses y castelhanos, que estão aprisionando nativos cristãos - homens, mulheres, crianças e velhos - destruindo suas cabanas, sua alimentação e até matando-os. Invadem as igrejas e furtam os bens eclesiásticos".
Esse documento, cujo original se encontra na Biblioteca Nacional, foi entregue, na Redução da Candelária, pelos padres Pedro Romero e Juan Batista Hornos, notário apostólico, aos sertanistas Francisco Paiva e Antonio Pedroso, que se negaram a recebê-lo.
Nesse momento, o padre Alfaro procedeu a leitura do documento em voz alta e inteligível, como relato o historiador Aurélio Porto, ordenando os sertanistas para que dentro de 24 horas saíssem do território do bispado da Prata e restituíssem os nativos maiores e menores, homens e mulheres que têm cativos, sob pena de excomunhão. Os sertanistas Paiva e Pedroso destruíram as citações, o que levou o padre Alfaro a confirmar a excomunhão.
Mais vezes compareceram os jesuítas ao acampamento dos sertanistas, anunciando a sua excomunhão, com o que não se preocuparam os paulistas, alegando que iriam recorrer.
Para Sergio Coelho de Oliveira, em defesa de Baltahar Fernandes:
"Embora citados, no documento de excomunhão, André e Baltazar não se encontravam no local (Candelária). Já tinham iniciado a volta para São Paulo, trazendo grande número de nativos cativos.
Como se vê, esse fato ocorreu, em fevereiro de 1638, e o padre viria a morrer em combate em janeiro de 1639, 11 meses depois, algumas centenas de quilômetros distante dali."
Mas, nessa época, segundo Jaime Zuzarte Cortesão (1884-1960), ainda domina entre os portuguese a falsa opinião de que Potosí e as demais cidades do Peru estavam muito próximas do Brasil. Para isso contribuiu grave erro de Lisboa na cartografia da América do Sul.
Portanto, Balthazar deveria estar muito mais próximo do ocorrido do que pensa este dedicado jornalista. Aliás, diz Luiz Castanho de Almeida:
Uma vista rápida sobre o mapa feito por Ruy Diaz Gusman entre 1607 e 1608, nos mostrará as reduções do Guairá em frente a Sorocaba. E o rio Sorocaba incrivelmente afluente do Paranapanema! E, pior, da margem esquerda.
Foi, portanto, ele em pessoa o primeiro a buscar esposa no Paraguai, donde lhe viria em 1634 o genro Gabriel Ponce de Leon com a turma de emigrados. Era, com efeito o Guayrá como que o vizinho e o "sítio da roça" aonde iam passar uma temporada os povoadores de Parnaíba e em seguida Itú e Sorocaba. [24848]
A história deste assassinato está narrada em documentos enviados pelo jesuíta Cláudio Ruyer e pelo governador do Paraguai, D. Pedro Lugo y Navarra, como também é contada na "História de la Companhia de Jesus en la Província Del Paraguai", segundo documentos originais "del Archivo General das Índias", de autoria do padre Pablo Pastells.
"Vossa Reverendíssima já está sabendo da desgraçada morte repentina do nosso bom padre Diego de Alfaro, superior digníssimo destas reduções, a qual um malvado português matou em Caaçapaguassu, onde estava também o governador do Paraguai, D. Pedro de Lugo, com 60 soldados, por cuja covardia, frouxidão e omissão, o bom padre foi animando os seus filhos (nativos) a que lutassem valorosamente contra os inimigos, que haviam se escondido atrás de um pequeno morro.
Acontece que um malvado, escondido em uma choça, a poucos passos dali, conhecendo muito bem o padre, apontou e atirou de frente sobre o olho direito, o que derrubou o pobre padre, que em seguida perdeu a fala e não o sentido.
Foi quando um outro padre ali presente, tomando-lhe a mão, disse que a apertasse, para que lhe desse a absolvição e concedesse a indulgência plena. Ele abriu o olho esquerdo, olhou para o padre e lhe apertou a mão, que foi dia de Santo Antonio Abade (17 de janeiro de 1639), pela manhã, depois de ter caminhado todo o exército três léguas de de noite." [21228]
