Durante a estadia em Brunei , Gonzalo Hernandez estava fazendo compras na cidade quando foi feito prisioneiro pelas autoridades, junto com Domingo de Urrutia e Juanillo (o filho brasileiro do piloto João Carvalho ). A frota então deixa Brunei às pressas, abandonando os dois homens e a criança. Não sabemos o que aconteceu com eles.
Esses eventos ocorreram em 29 e 30 de julho de 1521. Em documentos de época compilados pelo historiador chileno José Toribio Medina Zavala , indica-se que Hernández recebeu o seu salário até 29 de julho de 1521. Mas curiosamente, o seu companheiro de infortúnio Domingo de Urrutia não foi pago apenas até o dia 21 [11] . Tomás Mazón Serrano indica “setembro de 1521” como a data da morte/desaparecimento. Nenhum detalhe é fornecido.
