O caso Riocentro gerou uma crise no interior do STM e entre essa corte e o Ministério do Exército, cujo titular, general Válter Pires, criticara – sem citar nomes – a atuação de Bierrenbach. Em nota divulgada pela imprensa em 10 de outubro, Bierrenbach afirmou que mantinha in totum seu voto contra o arquivamento do IPM do Riocentro e que repudiava “com veemência” as críticas que recebera do ministro Válter Pires e do seu colega de tribunal general Carlos Alberto Cabral Ribeiro.