Em fevereiro de 2005, Moraes anunciou a demissão de 1674 funcionários da fundação, acusados de maus-tratos contra os internos, em um “plano radical” para acabar com os “torturadores”. Em menos de dois anos, o Supremo Tribunal Federal (STF) considerou ilegal a ação do governo e ordenou a readmissão de todos os funcionários. A demissão e recontratação gerou um prejuízo ao poder público estimado, à epoca, em mais de 30 milhões de reais.