Nestes limites, à margem esquerda do rio Anhembi, André Fernandes ergueu mais tarde a capela de Santana, e tendo devassado os sertões vizinhos, pesquisando ouro, obteve para si uma sesmaria limítrofe em 23 de setembro de 1619. Formou-se um povoado em torno da capela, depois feita matriz , e a 14 de novembro de 1625 foi criada a vila de Parnaíba por provisão do conde de Monsanto, donatário da capitania[0]

O representante da condessa de Vimieiros protestou, porém foi inútil. Aotérmino da cerimônia, todo um território mudava de donatário e objetivos políticos. A posse ou usurpação realizada pelos descendentes de Pero Lopes de Sousaacarretou o desmembramento da ilha onde estavam localizadas as vilas de SãoVicente e Santos, bem como todo o sertão interior, compreendendo Piratininga eos respectivos povoamentos no planalto da serra de Paranapiacaba. A vila de SãoPaulo era um dos núcleos mais desejados pelos senhores de Monsanto e Cascaes.Lá seria formada a nova sede da capitania, transformando-a em um ponto de irradiação para rotas de comércio:logo após a tomada do território, Fernão Vieira Tavares morreu. Mas uma dasprimeiras providências de seu sucessor no cargo de representante do condeMonsanto, Álvares Pires de Castro, foi ditar uma provisão transformando o arraial de Suzana Dias na Vila de Santana de Parnaíba, no dia 14 de novembro de1625. No local, houve festa com direito a Te Deum [cerimônia de louvação aDeus]; na Vila de São Paulo, foram os protestos que ecoaram. Mas o fato persistiu: 71 anos depois da fundação de São Paulo, a ocupação portuguesa marchava para oeste, em direção à fronteira espanhola. E marchava sob a influência cada vez maior de uma força política organizada em torno dos moradores, contrária à centralização. (Calixto apud Caldeira, 2006, p.307-8) [Frei Agostinho de Jesus e as tradições da imaginária colonial brasileira Séculos XVI - XVII p.188]

Devido ao povoamento disperso na região do município e a necessidade dos seus povoadores recorrerem à Vila de Parnaíba, à qual a região pertencia desde 1625, para suas necessidades religiosas e os registros de batismos, casamentos e óbitos, os moradores da região queriam uma capela ali. Então, entre 1649 e 1651, ergue-se uma igreja em louvor a Nossa Senhora do Desterro e, ao seu redor, forma-se o povoado de Jundiaí. [ / MARQUES, Juliano Ricardo (2008). Jundiaí, um impasse regional]