Uma consulta do Conselho Ultramarino, datada de 27 de fevereiro de 1647, nos mostra o real estado da situação e os papéis de cada um dos agentes: jesuítas, moradores, oficiais, etc. O governador geral do Brasil, o governador da capitania do Rio de Janeiro, e oficiais da Câmara do Rio de Janeiro e de São Paulo, escreveram ao rei D. João IV sobre o que se passava com relação aos padres da Companhia de Jesus naquelas partes. Os moradores solicitavam ao rei que a administração dos índios fosse confiada inteiramente à eles (moradores), e, ainda, queixavam-se da restituição dos bensaos jesuítas.
Como justificativas dessas queixas, citavam o fato de que os padres inacianos haviam fechado o caminho para a vila de São Paulo, impedindo o comércio. Nesse documento, por sinal, extremamente importante e rico de detalhes, Salvador Correia de Sá e Benevides, atuando como “conselheiro do Conselho Ultramarino”, nos propicia um vastíssimo cenário da situação. Também o governador do Rio de Janeiro,Duarte Correia Vasqueanes, informa à Sua Majestade sobre a sua visão dos fatosocorridos, onde acha que o rei deveria conceder o perdão de todas as culpas dosmoradores de São Paulo, pois, segundo Duarte Correia, os paulistas poderiam se passarpara o lado dos castelhanos por vingança.232 Os jesuítas, durante o processo deexpulsão, foram tratados com rigor e violência pelos moradores de São Paulo. Mesmoquando já estavam exilados em Santos, foram obrigados por moradores armados da vilade São Paulo a embarcarem para o Rio de Janeiro. As autoridades coloniais cobravamuma maior firmeza do rei, no sentido de punir os paulistas desordeiros e230 AHU_ACL_CU_023-01, cx. 1, doc. 12 231 AHU_ACL_CU_023-01, cx. 1, doc. 12. Franciscanos e Jesuítas na América Portuguesa, sempre estiveramenvolvidos em disputas. Após a publicação do Breve de Urbano VIII, em diversas ocasiões, principalmentedurante as missas, os franciscanos tentavam colocar os jesuítas contra o povo. Além disso, os franciscanoseram a favor da escravidão indígena e condenavam a riqueza da Companhia de Jesus – Sentença que osPadres do Mosteiro de São Francisco de São Paulo, obtiveram contra os jesuítas em 1651 – Códice 4- folhas141 a 142 – Fundo: Papéis do Brasil – IANTT232 AHU_ACL_CU_023-01, cx. 1, doc. 14 91criminosos.Também, alegavam que o cargo de capitão-mor deveria ser provido pelo rei enão pelos donatários, evitando assim, vinganças e abuso de poder.233Em seu parecer ao rei, Salvador Correia de Sá e Benevides recomenda à SuaMajestade que os jesuítas deveriam voltar à São Paulo, “...porque são úteis para a boaadministração da justiça, serviço de Deus, e polícia dos lugares das conquistas”.234 ParaSalvador Correia de Sá e Benevides o mais importante era garantir a paz nas capitaniasdo Sul, para que os descobrimentos das minas pudessem ser efetuados. Tambémconsiderava os jesuítas fundamentais na administração dos gentios. Mas em face daviolência dos conflitos ocorridos, pede à D. João IV que entregue a administração dasaldeias à padres seculares e capitães leigos. O Conselho aceita o parecer de SalvadorCorreia de Sá e Benevides, menos no quesito da administração das aldeias, pois achaque os jesuítas são os mais indicados para cuidar dos índios aldeados.235Entre essaconsulta ao Conselho Ultramarino (1647) e a efetiva volta dos jesuítas em 1653, asnegociações de ambos os lados continuaram.
