Apesar das indecisões e dúvidas que transparecem nas consultas ao Conselho de Portugal, ao Conselho da Índia e à Junta da Fazenda, Francisco de Souza voltou a São Paulo dotado de inúmeros instrumentos parao controle e administração tanto das três capitanias (Rio de Janeiro, Espírito Santo e São Vicente) quanto das supostas minas.

A desconfiança quanto a Francisco de Souza pode ser exemplificada na divisão do Conselho de Portugal, quanto à parcialidade das opiniões do ex-governador, em petição de Domingos de Araújo pelas minas da Bahia. AGS, Secretarias Provinciales, Libro 1466, f.284v. As mercês de D. Francisco estão em: AGS, Secretarias Provinciales, Libro 1466, 17/09/1607, f.298r a 310v [1]

AGS, Archivo General de Simancas, Secretarías Provinciales, libro 1466, Consulta da Junta da Fazenda de Portugal. [Madrid] , 17 de Setembro de 1607. Sobre as minas do Brasil. [2]