Em janeiro de 1607, estando para ser reconduzido nesse posto, recebeu denuncia por maus tratos que infringia aos seus administrados. Tambem seus filhos foram acusados de sequestrar mulheres índias a seu bel-prazer. Tais denuncias não tiveram grande efeito pois em novembro do mesmo ano João não só foi novamente nomeado capitão da aldeia de Guarapiranga como também das novas em Guanga e Jaguaporetuba.

Atas II, 185- 20 de janeiro de 1607 Os índios por seu procurador acusam João Soares de maltratar os indios, que se queixavam de serem obrigados a prestar serviços “sem lhes pagar seu trabalho”, e outras queixas mais.. Acusaram os filhos de João Soares de tomarem “suas mulheres e filhas levavam para onde queriam” e que pelas ditas razões não queriam João Soares em suas aldeias. João Soares foi notificado para não mais se entender com os índios até chegar o capitão com nova provisão.