O povoado da região, que era habitada por índios caiapós, iniciou-se por volta de 1720, com a passagem de bandeirantes paulistas que se dirigiam ao estado de Goiás em busca de ouro, através do antigo caminho de Goyaz. O arraial de Mojimirim já possuía bom número de habitantes em 29 de julho de 1747, quando começaram a ser cavados os alicerces da primitiva igreja Matriz de São José. A freguesia foi criada em 1751, desmembrada da freguesia de Nossa Senhora da Conceição do Campo, atual Mogi Guaçu. A elevação da freguesia de São José de Mogi Mirim a vila se deu em 22 de outubro de 1769, após cisão do município de Jundiaí. A vila de São José de Mogi Mirim passou a abranger um enorme território, com limites no rio Atibaia e no rio Grande, este na divisa entre São Paulo e Minas Gerais. Com o passar do tempo, foram se formando arraiais e povoados como Franca, Casa Branca, Rio Claro, Mogi Guaçu, Itapira, São João da Boa Vista, Serra Negra, Pinhal e inúmeros outros.Pela lei número dezessete, de 3 de abril de 1849, o presidente da província de São Paulo, padre Vicente Pires da Mota, elevou a vila de Mogi Mirim à categoria de cidade. Por lei provincial de 17 de julho de 1852, Mogi Mirim passou a ser sede de comarca.Em 1886, os fazendeiros de Mogi Mirim começaram a angariar o trabalho de imigrantes estrangeiros, principalmente italianos, espanhóis e, posteriormente, sírio-libaneses e japoneses), que tiveram importante participação nas plantações de café e de algodão e nas ferrovias da Companhia Mogiana de Estradas de Ferro.