A Igreja Santo Anto^nio foi usada como reside^ncia dos frades franciscanos que chegaram em Sa~o Paulo em 1639. Pouco tempo depois eles receberam a doac¸a~o de um terreno numa das bordas da colina onde foi fundada a vila de Sa~o Paulo de Piratininga. As outras bordas eram onde hoje se encontram o Pateo do Collegio e o Mosteiro Sa~o Bento. Neste local, no atual largo de Sa~o Francisco, construi´ram o seu convento, inaugurado em 17 de setembro de 1647.