Em nenhuma das fontes pesquisadas foi possível encontrar a razão pela qualBernardo José de Lorena teria protelado sua posse como Capitão General por quase doisanos. Por sua vez, suas primeiras instruções acerca da nova função foram enviadas pelosecretário Martinho de Mello e Castro em fevereiro de 1788, as quais salientavam aspreocupações da Coroa portuguesa com os tratados de paz e demarcações de limitescom as possessões espanholas na América, bem como as questões relativas ao combateaos contrabandos. Este último aspecto deveria receber especial atenção do novoGovernador, o qual, nas palavras do então Secretário do Ultramar, era “um dos objetosmais importantes do Governo que Sua Majestade tem confiado (...) e que pede toda a(...) vigilância é o evitar os contrabandos e descaminhos”. Para este mesmo fim, remetia“importante artigo que expedi ao Vice Rei do Brasil com data de 5 de janeiro de 1785, eos dois Alvarás que o acompanharam, para que V. Ex.a execute o que ali se determinaem tudo o que for aplicável a Capitania de São Paulo”
