Um dos pontos da desinteligência com Bispo dizia respeito à utilização de intérprete na confissão, que, segundo este, implicava em quebra do sigilo sacramental. Nóbrega empregava esse recurso largamente em razão da falta de jesuítas-línguas ainda em 1552, quando escreve (2000:131) da Bahia ao Provincial Simão Rodrigues, em Lisboa:

Contrariou-nos isto muito o Bispo, dizendo que era coisa nova e que na Igreja de Deus se não costuma. (...)

Esta é coisa mui proveitosa e de muita importância nesta terra entretanto que não há muitos Padres que saibam bem a língua, e parece grande meio para socorrer a almas que porventura não têm contrição perfeita para serem perdoados e têmatrição, a qual com a virtude do sacramento se faz contrição: e privá-los da graça do sacramento por não saberem a língua e da glória por terem contrição bastante, e outros respeitos que lá bem saberão, devia-se bem de olhar.