O convento de S. Francisco foi fundado em S. Paulo, era 1640, depois do exame do local por frei Manoel de Santa Maria, custodio enviado para executar o alvará de 29 de Novembro de 1624, que auto- risára a fundação de conventos de franciscanos na capitania de S. Vicente. O referido custodio, em 1639, tendo examinado o local e os recursos necessários para a ordem em Santos e em S. Paulo, voltou á Bahia e reunio capitulo em 6 de Agosto desse anno: o capitulo resolveu fundar os dous conventos, e nomeou prelados fundadores, do de S. Paulo frei Francisco dos Santos, e do de Santos frei Pedro de S. Paulo, os quaes, acompanhados de outros irmãos, chegaram a Santos em 25 de Janeiro de 1640. O convento de S. Paulo foi ao principio em uma casa junto á
