Em outro regimento, sem data, mas evidentemente de 1617, Martim pede que, no caso de faleceu seu pai, que estava em avançada idade, lhe fosse feita a mercê de lhe suceder no serviço do descobrimento e averiguação das minas das Capitanias de São Vicente e do Rio de Janeiro, na forma das provisões que lhe tinham sido passadas.
Uma carta do mesmo Martim de Sá, datada de Lisboa, 20 de abril de 1617, refere-se á ordem que recebera de Sua Majestade, de partir para o Brasil, afim de fazer descer o gentio ao litoral do Cabo-Frio, para fundar aldeias e defender a costa das Capitanias de Baixo dos navios estrangeiros, que ali tentavam aportar.
Martim de Sá havia opinado na corte pela fundação de duas aldeias, uma no rio Macaé, em frente a ilha de Santa Ana, outra junto à baia Formosa, no rio Peruipe, o São João da Geografia atual, que eram os lugares aonde os inimigos costumavam tomar porto para carregar pau-brasil.
Na primeira, que devia ser de cem até duzentos moradores, seria posto por Capitão Manuel de Sousa, índio de muitos serviços, principal da aldeia de São Lourenço do Rio de Janeiro, que foi de seu avó Martim Afonso, o Arariboia, a quem D. Sebastião mandou o hábito[Anais da Biblioteca Nacional (1876-1997), p. 12]
