A partir do governo de D. Manuel Lobo, e da fundação da Colónia doSacramento, os seus poderes foram novamente ampliados, como demonstramas instruções e regimentos citados no início deste capítulo. De acordo com aprovisão de 12 de Novembro de 1679, as capitanias do sul voltaram a dependerda jurisdição do Rio de Janeiro, mais uma vez autónoma em relação à Bahia.