Filho e neto de conquistadores, em 1602 parte de SP a bandeira de Nicolau Barreto, composta de 300 homens brancos, índios e escravos, em direção de Moji das Cruzes; o padre João Alvares era o capelão, juntamente com os padres Diogo Moreira e Gaspar Sanches.

Depois dessa bandeira, foram dadas várias sesmarias na região compreendida pelo termo de Moji das Cruzes/ João Alves pede uma sesmaria e em 1610 Gaspar Conquero concedeu-a, quando assistente em Boiji-mirim, medindo uma legua de terra.

Possuía uma data de terra que foi registrada na capitania de São Vicente em 3 de 9 de 1635 e que mais tarde deu origem à cidade de Ferraz de Vasconcelos. Essa data de terra se localizava na região da vila de Itaquaquecetuba, fundada pelo padre José de Anchieta em 1560.

Essa vila foi um aldeamento de índios Guaianases que haviam sido trazidos das aldeias de Carapicuiba e Guarapiranga; uma parte dos índios desse aldeamento foi, em 1622, transferida para o aldeamento de São Miguel, onde havia uma igreja nova.

Em 1624, o padre João construiu uma capela em honra a Nossa Senhora da Ajuda com o restante dos índios que haviam ficado no aldeamento. Em 1635 fundou um aldeamento chamado Capela Curada de Nossa Senhora da Ajuda de Itaquaquecetuba.