As condições de navegação do rio Tamanduateí foram verificadas pelo tenente-coronelEngenheiro José Antonio Teixeira Cabral, em 12 de outubro de 1825, para o governo da província,desde o porto de S. Caetano até a foz no rio Tietê. Constatou-se que havia grandes irregularidadesna profundidade do rio, entre 1,40 m e 4,00 m. Já no século XVIII, um dos Abades queixara-se dadiminuição do regime das águas devido ao desmatamento de suas margens, provavelmente, pelouso das madeiras da mata ciliar como lenha nos fornos da Fazenda e no próprio Mosteiro, de quehá várias indicações. Moradores da Mooca também se queixavam, à Câmara de S. Paulo, dainsuficiência da água para seu uso em meados do século XIX.A redução das matas foi atenuada com a compra, pelo Mosteiro, no início do século XIX, daFazenda Boa Vista, anexada à de S. Caetano, onde se localizam hoje os bairros da zona sul doatual município.