Para a autora, amparada na obra de Machado de Oliveira 53, o fator explicativopara o desaparecimento do aldeamento de Itaquaquecetuba seria a epidemia de varíola de1563 que teria dizimado não só os indígenas desta região como também de outros núcleos de aldeamentos indígenas de São Paulo. Segundo Marcílio, este aldeamento fundado em 1564 com uma concentração de indígenas Guaianase , teria desaparecido ao longo do século XVII, ressurgindo ao longo do século XVIII sob a jurisdição da vila de Sant’Anna de Mogi das Cruzes. [MACHADO DE OLIVEIRA, J. J. "Notícia raciocinada sobre as aldeias de índios da província de São Paulo", RIHGB,8, 1846]
A varíola foi uma das principais responsáveis pela dizimação da população nativa da América após a sua importação da Europa com Colombo. No Brasil foi primeiramente referenciada em 1563 na Ilha de Itaparica. [Hermann G. Schatzmayr (novembro de 2001). A varíola, uma antiga inimiga». Cadernos de Saúde Pública. 17 (6). Consultado em 19 de janeiro de 2008]
