Ali ficou instalado de setembro de 1779 até meados de 1796. Foram 17 anos decisivos em que forjou e consolidou seu pensamento sobre diferentes matérias essenciais ao desempenho governativo que viria a ser chamado.Retornou a Lisboa em 1796 para assumir a Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha e Domínios Ultramarinos, tendo criado o Corpo de Engenheiros Construtores, a Junta de Fazenda da Marinha e a Sociedade Real Marítima