É uma tarefa difícil recuperar os nomes das pessoas que acompanharam Francisco de Souza na sua primeira ida ao Brasil. Sabemos que o governador foi embarcado com sua comitiva em duas urcas flamengas, conforme se apreende da autorização passada pelo rei para que os provedores e oficiais dos armazéns permitissem que mercadores fretassem as urcas para trazer açúcar e outras fazendas, apesar das disposições contrárias em relação às embarcações estrangeiras.

Alguns dos nomes que, mais tarde, se fixaram na vila de São Paulo, muito provavelmente, vieram com o governador. Segundo Frei Vicente, o primeiro visitador do Santo Ofício, Heitor Furtado de Mendonça veio na viagem, na qual todos teriam ficado doentes, exceto o governador, que cuidara deles até que, só quando chegou ao Brasil, adoecesse.

Além do visitador, Gabriel Soares de Souza, autor do Tratado descritivo do Brasil, teria voltado ao Brasil naquelas urcas, depois de ficar cerca de sete anos na corte pleiteando mercês e apoio para sua empreitada mineral, que teria entusiasmado bastante a D. Francisco.