Pedro Nunes faleceu com testamento redigido em 1623, que recebeu o “cumpra-se“ aos 31-12-1624. Nele declarou dois filhos da última mulher “uma menina e um menino”, provavelmente porque Ana, a caçula, já era falecida. Ficando por herdeira legitima só uma filha fêmea, a pequena Maria, Pedro deixou para ela suas joias e alfaias, pedindo aos filhos e neto “que se não tire de minha filha Maria cousas destas que não tenho outra..” Deixou dois mil réis de “esmola a minha cunhada mulher que foi de João de Calyx” e também dois mil reis para cada uma das duas filhas dela.
De bens de raiz foram arrolados em seu inventário a fazenda no Ipiranga em que morava com casa de taipa de pilão, mais um sitio na roça (seriam as terras nas bandas de Santo Amaro), terras em Jarabatibussu a caminho do mar em sociedade com André Fernandes e Baltazar Nunes. Na vila, uma data de chãos e outra em sociedade com André Fernandes e Manoel Fernandes. Além de terras compradas de Geraldo Correa que "foram de Ana Rodrigues avó de sua mulher e lhas deu em casamento".
