Casos mais graves, foi acusação frontal de João Ramalho (já estremecido com os Padres de São Vicente e "excomungado pelo Vigário da terra"), contra o Padre Manoel de Paixa e outros Irmãos, no sentido de mau comportamento com as nativas, acusação que levou o Padre Nóbrega a abrir inquérito, começando por afastar todos os Irmãos da Casa do Colégio, só os readmitindo depois de acabada a inquirição.

O episódio que deu lugar a este estremecimento nas relações de João Ramalho com os Padres da Companhia de Jesus (antes da chegada de Nóbrega) tem merecido especial atenção dos que estudam a Paulística. É um dos episódios mais mencionados pelos historiógrafos de São Paulo seiscentista. O que se, colhe na epistolografia Jesuítica está contido em duas locações, uma devida a Pero Correia e outra a Diogo Jácome, em suas respectivas cartas de 1552.

Pero Correia: Carta de 8 de junho (Cartas avulsas, página 92): "E uma destas (nativas doutrinadas) se achou umas dez léguas daqui, onde quiserem tratar mal o nosso Padre, e o ameaçaram com um pau, e o ameaçador foi um homem que há 40 anos que está nesta terra, e tem já bisnetos, e sempre viveu em pecado mortal, e anda excomungado, e o Padre não quis dizer missa com ele e daqui veio, depois da Missa acabada, a querê-lo maltratar, por que ele é possante; mas a nativa ali pregou muito rijo e com grande fé, oferecendo-se a padecer da companhia com o Padre se cumprisse. Eu não me achei ali, mas contaram-no dois Irmãos muito bons línguas, que iam com o Padre: um deles se chama Manuel de Chaves, e o outro Fernando, moço de 15 até 18 anos..."

A outra passagem é de autoria do Irmão Diogo Jácome (Cartas avulsas, página 104) está vazada em linguagem muito menos clara, por causa da tradução do original italiano, seu idioma: "contra o Padre que com todo o amor repreende e exorta com todos os meios que pode e para isso busca, e são que há hi tal que sobre ir daqui ha dez léguas sobre uma pessoa que haverá 20 ou 30 anos, que está em pecado mortal sobre com todos os mimos com que primeiro o trouxe, e vendo sua obstinação sobre estar excomungado pelo Vigário da terra, quis o nosso Padre ir lá dizer missa, porque se passa um ano e dois que não veem a Deus, nem no vem a ver, podendo vir; e estando lá dizendo missa, entrou este homem, de maneira que lhe mandou o Padre dizer que se saísse que não podia celebrar com ele e saindo, saíram também dois filhos seus da terra com ele de maneira que se determinaram para, como acabasse, a missa, de lhe darem na cabeça , o qual acabando a missa se saiu, e veio para com ele, o qual lhe rogou que não tivesse conta com ele, que era melhor cristão que ele e que fazia muito boa obras, mas não dizia se estava apartado do pecado para lhe aproveitarem, e assim tiveram mão nele e depois vieram os filhos com suas armas que são uns homens selvagens contra o nosso mesmo Padre e ele assentado de joelho diante deles, aparelhado a receber o que viesse..." [Revista do Instituto Histórico e Geográfico de São Paulo, volume LV, 1959. Página 37]